肛門直腸瘺（肛瘺）是從肛門或直腸向肛周皮膚，偶爾向另外的器官，如陰道形成的異常瘺管。

大多數肛門直腸瘺起源于肛門或直腸壁上較深的腺體，有些則是因為肛門直腸膿腫引流后所致。有時，肛門直腸膿腫引流后形成瘺管，但病因通常不明。瘺管更常見于克羅恩病或結核病患者。也可見于有憩室炎、癌癥或者肛門或直腸損傷的患者中。嬰兒發生的肛瘺通常是出生缺陷所致，男嬰多于女嬰。

連通直腸和陰道的瘺管（稱為直腸陰道瘺）可由放療、癌腫、克羅恩病或婦女分娩時損傷所引起。

之前，***有效的治療方法是通過手術打開瘺管（瘺管切開術）。手術過程中，有時會切除部分括約肌。如果肛門括約肌切除過多，患者可能發生難以控制排便的癥狀。新式外科操作是使用先進的皮瓣（皮瓣可在瘺開口處伸展）或其他操作閉合瘺管。安裝生物插頭或纖維蛋白膠可替代外科手術。

如患者有腹瀉或克羅恩病，術后會出現傷口不易愈合，因此通常不做手術。治療克羅恩病的藥物有助于瘺管閉合。